بعث الإتحاد العربي لكرة القدم بخطاب رسمي للإتحاد السوداني لكرة القدم يؤكد فيه قيام بطولة كأس العرب للأندية لموسم 2012م- 2013م في مرحلتها الأولي خلال شهري أغسطس وسبتمبر وتم تقسيم الأندية لأندية دول قارة آسيا وأندية دول قارة إفريقيا وستلعب دول أندية إفريقيا في مجموعة لوحدها وكذلك دول آسيا ستلعب التصفيات وسيشارك نادى الخرطوم الوطنى في هذه البطولة ممثلاً للسودان.

وتبدأ تصفيات دول إفريقيا يوم 18/9 وتصفيات دول آسيا يوم 19/10. وسيواجه فريق الخرطوم ممثل السودان فريق الإسماعيلي المصري .