وثقت الشبكة السورية لحقوق الإنسان، بين عامي 2012 و 2015، اعتقال الفصائل المعارضة المسلحة لحوالي 2034 شخصًا بينهم 136 طفلًا و 875 امرأة، كما شكلت تلك الفصائل محاكم قضائية تابعة لها، وتختلف مرجعيتها تبعًا للفصيل الذي تتبعه، ويلحق بها مراكز احتجاز وبعضها سري.

كما وثقت الشبكة، في تقرير مفصل لها أبرز مراكز الاحتجاز التابعة للفصائل المعارضة, مع تفصيل في أساليب الاحتجاز في كل منها:

أعادت الهيئة الشرعية بعد تأسيسها تأهيل مستشفى "العيون" الواقع في حي قاضي عسكر في محافظة حلب، وحولته إلى سجن من ثلاثة أقسام : الرجال، النساء، والأطفال، وتشرف عليه عناصر تابعة لحركة نور الدين الزنكي، أما في ريف حلب الغربي فأعدت ثلاثة سجون رئيسة: سجن الهيئة الشرعية في دارة عزة, وسجن الهيئة في المنصورة, والقاسمية في الأتارب.

وأبرزت أنّ موالي الحكومة لدى الهيئة الشرعية، يتعرضون إلى تعذيب منهجي أثناء التحقيق معهم على خلاف المساجين المعارضين للحكومة، وأنه منذ عام 2013 حتى هذه اللحظة، لم تسمح المحكمة الشرعية للمحتجزين بتوكيل محامٍ للدفاع عنهم، بسبب انسحاب هيئة محامي حلب الأحرار من الهيئة؛ احتجاجًا على إصدارها قرارًا يحصر تنظيم الوكالات القضائية فيها من دون هيئة محامي حلب الأحرار، كما حدد القرار سقف أجور المحامين بمبالغ زهيدة.

كما يوجد سجن مؤسسة "التوحيد الأمنية" في محافظة حلب، التابع مباشرة للواء "التوحيد"، ويقع في حي قاضي عسكر، ويتسع لـ 60 شخصًا فقط، ووفقًا لشهادة أحد القائمين على السجن، فإنهم يلجؤون إلى العنف في التحقيق مع الموالين للحكومة للحصول على معلومات منهم.

أما سجن أمن الثورة في بلدة الراعي شمال المدينة، الذي أغلق قبل هجوم تنظيم "داعش" على البلدة في شباط/فبراير 2014, سجن ضخم بلغ عدد سجنائه نحو 3500 سجين قبل إغلاقه, وبحسب شهادات أحد المحتجزين فيه سابقًا؛ فإن المتهمين بقضايا أمنية وتعامل مع النظام كانوا يتعرضون للتعذيب والمنع من الزيارات على خلاف أصحاب التهم الجنائية.

و بالنسبة إلى سجون لواء "شهداء بدر" التي بلغ عددها 20 سجنًا شمال مدينة حلب فشهدت انتهاكات كبيرة ضد السجناء والمحتجزين، كما اعتقل عشرات الآلاف على حاجز الكاستلو، وبحسب شهادة أحد الناجين فإن كثير ممن احتجز معه اختطفوا من الطرقات لأسباب تتعلق بالقمع والابتزاز ونشر الخوف بين المدنيين, وكانوا يتعرضون للتعذيب الشديد.

اما بالنسبة إلى سجون دمشق، فتحتوي منطقة الغوطة الشرقية، على مراكز احتجاز عدة، معلن عن سبعة منها، والبقية مراكز احتجاز سرية، و تعد سجون "القضاء الموحد" التي أنشئت عام 2014، من أبرزها وتضم محامين وشرعيين وقضاة، وسجل فيها حوالي 250 معتقلًا لدى سجن القضاء الموحد, بينهم 65 طفلًا و 40 امرأة.

ويأتي ثانيًا سجن "التوبة" التابع لـ"جيش الإسلام"، الفصيل المسيطر على غالبية أجزاء الغوطة الشرقية، ويبلغ عدد المحتجزين فيه بحسب إحدى الشهادات نحو 650 معتقلًا وأسيرًا بينهم 70 امرأة، فضلًا عن عشرات المعتقلين من عدرا العمالية, وتتم المعاملة بدرجات مختلفة من القسوة وذلك بحسب التهمة, وتزداد شدة التعذيب بالنسبة إلى الموالين للحكومة.

وأسس "جيش الأمة"، قبيل إنهاء وجوده على يد "جيش الإسلام" بداية عام 2015 سجونًا عدة، منها السجن المركزي والشرطة العسكرية، وتم تسليمهم فيما بعد للقضاء الموحد, فضلًا عن سجنين سريين في منطقة حوش نصري ومدينة دوما، نفذ فيهما عشرات الإعدامات، فضلًا عن محافظة دمشق مراكز احتجاز ثانية في محافظة دمشق: سجن الهدايا، سجون فيلق الرحمن، سجن المنطقة، سجن النساء وفيه حوالي 60 محتجزة.

 أما سجون درعا، ففي بداية عام 2012 تم تشكيل هيئة قضائية موحدة "محكمة غرز"، ويعمل فيها نحو 22 قاضيًا, ويتبع لها مركز احتجاز يقع في بلدة غرز.

وأصدرت الهيئة القضائية أحكام على أكثر من 2100 قضية, من ضمنها قضايا حكم بالإعدام، و في تموز/يوليو 2014 أصدرت قرارًا منعت الناشطين من انتقاد القيادات العسكرية وملاحقة المخالف وسجنه مدة ثلاثة أشهر وتغريمه بمبالغ نقدية، كما تم تشكلت "دار العدل" في تشرين الثاني/نوفمبر 2014 لتكون الجهة القضائية الوحيدة في محافظتي درعا والقنيطرة, وتضم محكمة غرز ومحكمة الكوبرا التابعة لـ"جبهة النصرة"، وأجمع عليها معظم فصائل المعارضة في حوران.