اتفق الجانبان السوداني والجنوبي على خطوات عملية لتنفيذ بنود اتفاقهما الأمني، وأوصى بأن تتحمل القوات المسلحة السودانية والجيش الشعبي في جنوب السودان النواحي اللوجستية لعمل الفرق الميدانية المشتركة وهي الجهة المسؤولة عن متابعة تفاصيل الاتفاق على أن يقوم كل طرف بإنجاز عمله خلال أسبوع، كما اتفق الطرفان على إمكانية إضافة موقع أو مواقع أخرى بعد التشاور بين رئيسي جهازي الاستخبارات العسكرية وعبر الملحقين العسكريين، وقال بيان صادر عن اجتماع للبلدين عقد في الخرطوم على مستوى اللجنة الأمنية المشتركة إن الاجتماعات سادتها روح الجدية في معالجة الاهتمامات والشكاوى، تعزيزاً وتحقيقاً للمصالح الاستراتيجية، وتابعت اللجنة  بحسب البيان الإجراءات المتخذة من الجانبين في مسائل وقف الدعم والإيواء والثقة المتبادلة في طرح الأفكار والرؤية المشتركة فيما يلي الإشكالات والقضايا والاهتمامات.  وأكدت الاجتماعات استعداد الطرفين لتقديم الدعم المطلوب للآليات المكونة بموجب مقترح الاتحاد الأفريقي الذي أوصى بتكوين فريق فني معني ببرنامج مراقبة الحدود للتحري بشأن أي تجاوزات حيث أوصى الجانبان باستعجال الآلية الأفريقية التحري لاستيفاء تفويضها في هذا الاتجاه، كما أمن الطرفان على الانسحاب وإعادة انتشار القوات على طول الحدود وفقاً للخارطة المقدمة من الوساطة الأفريقية، كما جددا التزامهما بوقف أشكال الدعم والإيواء للحركات والجماعات المسلحة في كلا البلدين وتم تبادل الشكاوى خلال هذه الاجتماعات والرد عليها كتابة بين الجانبين، كما اتفق الطرفان على التواصل بين رؤساء الاستخبارات العسكرية وقادة الأجهزة الأمنية في الدولتين عبر القنوات المتفق عليها بغرض تبادل الحوار الجاد وحل شكاوى كل دولة، واتفقت اللجنة على عقد اجتماع اللجنة الأمنية المشتركة القادم في 17/يلول/ سبتمبر المقبل في مدينة جوبا عاصمة جنوب السودان، ووجه وزيرالدفاع السوداني الفريق عبد الرحيم محمد حسين بتنفيذ ما تم الاتفاق عليه في اجتماعات الخرطوم، وأعرب عن أمله في أن تساعد نتائج الاجتماعات في دعم علاقات البلدين.   جاء ذلك لدى استقباله الخميس وفد جنوب السودان المشارك في اجتماعات الخرطوم برئاسة مدير الاستخبارات في الجيش الشعبي لجنوب السودان الفريق ركن ماج بول.