نفت الأمانة العامة الجديدة لاتحاد الصحافيين العرب علاقتها بجماعة الإخوان المسلمين في مصر، وأشار الاتحاد إلى أنَّه منظمة شعبية عربية مستقلة لا تخضع لأي سياسات حكومية، وتؤيد الحق المشروع لكافة الشعوب في تقرير مصيرها . وأضاف بيان للأمانة العامة "أيَّا من جاء إلى الحكم في أي دولة فإن الاتحاد معه أو ضده، كل ما يهمنا هو الدفاع عن حرية الصحافة والصحافيين وتعميق وترسيخ حرية الرأي والتعبير ونشر ثقافة حقوق الإنسان والعمل على إقامة مجتمع عربي واحد بمحتواه الديمقراطي وهو ما تنص عليه لائحة النظام الأساسى للاتحاد، ويعرفه جميع المسؤولين في جمهورية مصر العربية". و أوضح الاتحاد خلال بيانه أن شكل العضوية في الاتحاد لا يوجد بها أبدًا ما يؤيد نظرية الهيمنة أو السيطرة من قبل  أي رئيس يتم اختياره للاتحاد سواء من مصر أو من خارجها، وتبقى مصر في كل الأحوال في مكانها الصحيح دائمًا بمثابة القلب في الجسد بالنسبة لأمتها العربية، وشدد على أن نظرية "العبيد" غير معترف بها في اتحاد الصحافيين العرب، والصحافيون العرب لا يقبلون أن يكونوا عبيدًا لأي كان وفي أي زمان. وأضاف البيان أن اختيار الزميل أحمد يوسف البهبهاني، رئيسًا للاتحاد لم يكن وليد الصدفة أو اللحظة بحكم مساهمات الكويت الداعمة والمساندة للاتحاد منذ نشأته فى 1964 واستضافة أول مؤتمر عام له فى 1965 في الكويت، وأن هذا التوجه كانت تعلمه أجهزة الدولة المصرية، ولكنها لم تتدخل وتركت للجميع حرية الاختيار والترشح. وتقدمت الأمانة العامة لاتحاد الصحافيين العرب للمسؤولين المصريين وفي مقدمتهم الرئيس الدكتور محمد مرسي رئيس جمهورية مصر العربية بالشكر والتقدير لدعمه واستقباله وفود النقابات والمنظمات الصحافية العربية الاعضاء في الاتحاد العام للصحافيين العرب والمشاركة في المؤتمر العام الثاني عشر للاتحاد كما تتقدم الأمانة بكل التقدير والاحترام للزميل ممدوح الولي نقيب الصحافيين المصريين وكل أعضاء وفد النقابة المصرية في المؤتمر لحسن الاستقبال والضيافة. ويأتي بيان اتحاد الصحافيين العرب ردًا على ما نشرته صحيفة الوفد المصرية في عدد الاثنين بمقال في صدارة صفحتها الثامنة لرئيس جمعية الصحافيين في الإمارات محمد يوسف تناول فيه الانتخابات الأخيرة لاتحاد الصحافيين العرب والتي جرت خلال المؤتمر العام الثاني عشر للاتحاد والذي عُقد في القاهرة يومي 9 و 10 كانون الثاني/يناير الجاري. وجاءت برئاسة جديدة من خارج مصر لأول مرة (على حد قوله)، وأشار يوسف إلى أن التوصيف الحقيقي لما حدث (وفقًا لتفسيره الخاص)، هو أن "الصحافيين العرب رفضوا تسليم اتحادهم لفئة ذات أفق ضيق مثل جماعة الإخوان المسلمين" ، وأنه  (أي محمد يوسف) شارك في صنع الموقف شبه الموحد للنقابات والجمعيات الصحافية العربية في وجه أى محاولة لسيطرة الفكر الفئوي المنحاز على مقدرات الاتحاد، خاصة وأنه ومن معه كان على قناعة بأن وصول رئيس إخواني يعني تحول الاتحاد خلال عام واحد إلى بؤرة إخوانية.